La endocarditis infecciosa, una vez instaurada, es un cuadro grave en el que se produce una rápida destruccion del tejido cardíaco afectado con la producción de lesiones sobreañadidas importantes. Su tratamiento es complejo, y no siempre, según el momento en el que se haya descubierto la infección, totalmente resolutivo. Por ello, es preciso proteger con la suficiente antelación a los portadores de alguna lesión cardíaca: la profilaxis frente a endocarditis infecciosa es obligatoria siempre que hay una cardiopatía, sobre todo en las de riesgo moderado o alto, aunque existen circunstancias en las que no es necesaria, tal y como se expone en la tabla adjunta. Las circunstancias en las que estaría más indicada esta profilaxis, aparte de los procedimientos dentales, serían también otras técnicas quirúrgicas o invasivas sobre el tracto respiratorio, digestivo o genitourinario.

La pauta general de la profilaxis comprende la administración de un antibiótico en una sola dosis única, por vía oral o parenteral, según el caso. En general, una hora antes si se trata de la vía oral, o 30 minutos antes si se trata de la vía parenteral. En las cardiopatías con riesgo alto la pauta es un poco más compleja, con el fin de prevenir al máximo la posibilidad de la endocarditis, pero también en una dosis única.